肚脐上面疼，如果是位于腹腔里面，而不是腹壁上，腹腔内的各脏器疼痛位置分布规律是这样的。人体的消化器官是由原肠发育而成，原肠分为前肠中肠和后肠，前肠发育成为十二指肠、胰腺、肝脏、胆囊和脾脏，中肠发育成小肠和右半结肠，后肠发育成左半结肠和直肠。

如果是前肠发育的器官表现的腹痛，位置一般位于上腹部；而中肠发育的小肠和右半结肠形成的腹痛一般位于脐周，也就是中腹部；而后肠发育成的器官，比方左半结肠和直肠，疼痛一般位于下腹部。

所以肚脐上面疼应该是前肠或中肠发育成的器官，但是疼痛也要看是什么性质。如果是一阵一阵的疼，有可能是梗阻引起的。如果是持续性的疼，有可能是功能性的或者炎症。所以如果肚脐上面疼、经常疼，影响正常生活，建议去医院诊治。