全麻术后最常见的后遗症就是发生胃食管反流，因为麻醉时病人的意识丧失、吞咽及咳嗽反射减弱或消失，贲门口会松弛，胃内容物较多的患者很容易发生反流。

一旦到达咽喉部就有可能出现误吸，造成窒息和急性吸入性肺炎，这种情况非常严重，要及时给予临床处置，这也是为什么强调全麻术前要禁食。另外术后容易形成上、下呼吸道的梗阻，比如舌后坠或者是口腔内分泌物、血液、异物阻塞，也有可能引起气管痉挛，或者是气管导管扭转等等。还会引起心律失常，由于麻醉的深度不当、手术刺激过强，而引起的心脏骤停或者心律反常等等情况，常见于室性期前收缩。